Napriek tomu, že je to najzrejmejší znak tejto novej variácie na obľúbenú tému Z900RS, úpravy tým nekončia. Z900RS SE je štandardne vybavená pôsobivou škálou ďalších vylepšení vrátane zmien komponentov odpruženia a brzdenia.
Model SE je vybavený zadným tlmičom Öhlins S46 s nastavovaním predpätia. Hliníkové telo, veľký piest ø46 mm a vnútorné vzduchové a plynové komory oddelené plávajúcim piestom ponúkajú vynikajúci pocit priľnavosti a ovládateľnosti.
Zmeny na prednej časti motocykla sa udiali aj s 41 mm obrátenou prednou vidlicou, ktorá je nielen žiarivá so zlatými vonkajšími trubkami, ale so štandardným nastavením prepracovaným tak, aby vytvorila ideálnu rovnováhu v celom rozsahu zdvihu odpruženia.
Zmenili sa aj brzdy - na prednú časť bol použitý brzdný systém Brembo. Dvojité predné kotúče Brembo ø300 mm sú uchytené radiálnymi monoblokovými strmeňmi Brembo M4.32 obsluhovanými hlavným valcom radiálneho čerpadla Nissin s menším priemerom (až do ø17,5 mm od ø19,1 mm v štandardnom modeli), ktoré aktivujú brzdný účinok prostredníctvom "pletených" hadíc z nehrdzavejúcej ocele, ktoré poskytujú väčšiu brzdnú silu a zároveň ponúkajú lineárny priebeh pri ovládaní brzdovej páky.
Kozmeticky sa model Z900RS SE, ktorý má na bočných krytoch červeným písmom „RS“ logo, ešte viac odlišuje čiernymi alumitovými bočnými krytmi chladiča a krytom FI a zlatými kolesami s viacerými lúčmi. „Čerešničkou na torte“ je takzvaná schéma laku „Yellow Ball“, ktorá brnká na srdcové struny oddaných fanúšikov Z1 a légie nových jazdcov priťahovaných neustále rastúcou retro športovou scénou, ktorá sa ochotne ponorí do desaťročí histórie Kawasaki, aby získala jedinečné dedičstvo triedy Z.