Ninja e-1 a Z e-1 sú vybavené dvoma vyberateľnými lítium-iónovými batériami. Viaceré možnosti nabíjania pridávajú flexibilitu pre minimálne pridané nepohodlie do vašej každodennej rutiny. Duálne lítium-iónové batérie vážia každá 11,5 kg. Nabíjanie mimo paluby* možno vykonať pripojením motocykla k vyhradenej nabíjačke napájanej z domácej zásuvky. Prípadne je možné batérie vybrať a nabiť mimo motocykel. Doba nabíjania jednej batérie je približne 3,7 hodiny pri plnom nabití, 1,6 hodiny pri čiastočnom nabití (20 % >> 85 %). *Nabíjanie mimo vozidla sa vzťahuje na systémy nabíjania, ktoré nie sú pôvodné pre samotné vozidlo. Nabíjačka batérií (ktorá odoberá striedavý prúd a premieňa ho na jednosmerný prúd potrebný na nabíjanie batérií) je umiestnená mimo bicykla - príklad nabíjania mimo motocykla.